Im kroatischen Cup 2012/2013 finden zwischen 29.08.2012 - 22.05.2013 eine Qualifikations- und fünf Hauptrunden statt. Die Klubs der 1. HNL steigen ab der ersten Hauptrunde (1/16 Finale) in den Cupbewerb ein. Ab dem Viertelfinale werden Hin- und Rückspiele ausgetragen. Titelverteidiger ist Dinamo Zagreb. Der Gewinner des kroatischen Cups ist in der zweiten Qualifikationsrunde der Europa League startberechtigt.